男性不育的原因分很多种，因此对症治疗很重要，有一些男性不育症患者是器质性病变，无法通过药物解决，只能采取手术治疗的方法。
手术治疗主要有以下几类：
（1）生殖器畸形或发育异常：常见的有隐睾、尿道狭窄、尿道瘘、尿道下裂、尿道上裂和严重的阴茎硬结症等。
手术价格：
高位隐睾下降固定术（含疝修补术）：1200元（单侧）
经腹腔镜隐睾探查术（含隐睾切除术）：1380元（单侧）
尿道瘘修补术(含耻骨膀胱造瘘)：2000元
尿道下裂Ⅰ期成形术：1600元
尿道下裂Ⅱ期成形术：1800元
尿道下裂修复术：2400元
尿道上裂修复术：3000元
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（2）梗阻性无精子症：包括输精管、精囊先天缺如而引起的梗阻性无精子症；输精管节段性不发育；输精管医源性损伤或结扎；射精管口先天性狭窄等。
手术价格：
输精管吻合术：1100元/单侧
经尿道射精管切开术：800元
（3）精索静脉曲张：在男性不育症中，精索静脉曲张的发生率高达20%～35%，采用精索内静脉高位结扎治疗，可使部分患者恢复生育能力。
手术价格：
精索静脉曲张高位结扎术：1040元
（4）器质性性功能障碍：包括因阴茎严重创伤、骨盆骨折、血管性因素（如静脉瘘）或神经性疾病引起的勃起功能障碍，以及一些因器质性病变引起的逆行射精患者。
手术价格：
尿道下裂阴茎下弯矫治术：1200元
阴茎再植术：2000元
阴茎重建成形术(含假体置放术)：2800元
阴茎畸型整形术：1500元
阴茎血管重建术：2500元