豆腐乳的主要成分是蛋白质、脂肪、胡萝卜素、维生素A、E，以及钙磷等矿物质。豆腐乳富含植物蛋白质，经过发酵后，蛋白质分解为各种氨基酸，又产生了酵母等物质，故有增进食欲，促进消化之功效。臭腐乳（青方）中维生素B12的含量很丰富，可以补充人体内的维生素B12，还能预防老年性痴呆。
每次小半块足矣。自腐乳发酵时容易被微生物污染，豆腐坯中的蛋白质氧化分解后产生含硫的化合物，过量食用对人体健康有害。豆腐乳含盐和嘌呤量普遍较高，高血压、心血管病，痛风、肾病，消化道溃疡患者宜少吃或不吃，以免加重病情。
豆腐乳以色正、形状整齐、质地细腻、无异味者为佳品。豆腐乳可放于密封玻璃瓶或陶瓷罐中，置于阴凉通风处保存。保质期1年左右。