鱼丸的来历，有个跟秦始皇有关的故事。根据稗史的记载，秦始皇好吃鱼，他统一全国做了皇帝后，每餐必要有鱼，但又不能有刺，如有鱼刺则赐厨师死，有好几个厨师为此丧命；而烧鱼肉汤，又怕有诅咒秦始皇“粉身碎骨”之嫌。有一天，某厨师制作御膳，见到鱼又胆怯又发狠，就用菜刀背砸鱼发泄。一下两下，砸着砸着，他惊奇地发现，鱼刺鱼骨竟 自动露了出来，鱼肉成了鱼茸。正在这时，宫中传膳了，厨师急中生智，拣出鱼刺，顺手将鱼茸捏成丸子，不假思索就投入已烧沸的豹胎汤中，氽成了丸子。不一会儿，一个个色泽洁白，柔软晶莹，尝之鲜嫩的鱼丸浮于汤面上，并呈到了秦始皇面前。始皇一尝，极为称赞，下令给予奖赏。后来，这种做法从宫廷渐渐传到民间，称为“氽鱼丸”，也就是鱼丸。
现在，很多家庭制作鱼丸时，是用刀刮出鱼茸做的，讲究的要在菜板上垫块生猪皮，鱼肉刮完时刺最后全会陷在肉皮里，也不会刮出菜板的渣子。
还有一种办法，鲜嫩味道稍差一点，但保证能顺利做好：鱼先蒸熟，拣出刺，弄碎，加淀粉、蛋清等，调味，再如普通做丸子法制作。如怕碎，可再蒸熟后入汤。
福州鱼丸也很有名气，是用鳗鱼、鲨鱼或其它鱼的肉在臼中捣成茸，加淀粉搅拌均匀，再包上瘦肉或虾肉等馅制成的，选料精细，制作考究，皮薄均匀，色泽洁白晶亮，食之滑润清脆，汤汁鲜香。