病毒性肝炎和其他脏器病毒性感染一样，都是一种能自然自愈的疾病。所谓自然自愈，说得通俗一些，即自然会康复的疾病。通常病毒性肝炎的自愈病程可分为三期：
一、感染期：可持续数月至数年，为病毒侵入机体在肝细胞中复制的时期，临床上病人无任何明显的症状，一般不易被发现；
二、反应期：可持续2～4周左右，也就是当病毒复制到一定数量时，机体出现了要清除这些感染了病毒的肝细胞的反应。此时病人可无明显症状，这种情况往往是感染较轻的人，临床上称为隐性感染；但一部分入则出现了不同程度的症状，表现有发热、食欲不振、纳差、恶心，呕吐，乏力、肝区压痛等；部分病例则有巩膜、皮肤黄染；极少数的病人由于反应过强或原有肝脏疾病而出现腹胀、少尿、腹水、出血倾向、昏迷等严重肝衰竭的表现；
三、免疫清除期：也就是临床上的康复期，通常为数月内，机体在强烈的反应后继之是清除肝脏残余病毒的过程，临床症状逐渐消失，直至完全康复。此过程是机体自身的保护反应，所以也可理解为自限性的康复过程，根本不需要任何药物，绝大多数的病人都会康复。极少数病人由于感染重、反应过强、原来肝脏已有病变等原因而病故，目前尚无特殊的药物可改变其预后。
乙肝病毒感染如果发生在3岁前，或者和丙肝病毒合并感染，那么，该患者的感染期可持续数年以上，井反复出现反应期和清除期。这个过程如此反复，可持续数年至数十年，这就是临床上所说的慢性乙型肝炎患者。这些慢性肝炎患者，尤其是一部分感染较重的病人，由于体内反复的清除作用，会在若干年至十余年后引起肝脾肿大、肝功能损害，发生肝纤维化、肝硬化甚至肝癌。