新鲜的金针菇中含有秋水仙碱，人食用后，容易因氧化而产生有毒的二秋水仙碱，它对胃肠黏膜和呼吸道黏膜有强烈的刺激作用，大量食用会出现中毒症状。北京大学深圳医院主管营养师孙晶丹指出，秋水仙碱很怕热，大火煮十分钟左右就能被破坏，在食用前最好在冷水中泡1~2小时，也能让一部分秋水仙碱溶解在水里。
此外，专家提醒，涮过金针菇的火锅汤就不要再喝了，不但高油、高脂，还会有很多残留的有害物质。如果是从超市买回来的干金针菇或金针菇罐头，其中的秋水仙碱已被破坏，可以放心食用，凉拌或涮锅都非常好。
金针菇很适合气血不足、营养不良的老人、儿童、癌症患者、肝脏病及胃、肠道溃疡、心脑血管疾病患者食用，但它性寒，脾胃虚寒、慢性腹泻的人应少吃。
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